[논문분석] 4. 세포독성 z-score : Analysis of the Effects of Cell Stress and Cytotoxicityon In Vitro Assay Activity Across a Diverse Chemicaland Assay Space

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전체 toxcast asssay중에 34개가 세포독성을 보는 assay

거기서 나오는 ac50값을 표준화 시켜서 0으로 놓고 z-space를 만든다

 z-score가 3보다 큰 것만 active로 함.

 

epa toxcast에서 assay랑 chemcial 별로 z-score matrix를 제공 

화학물질이 assay에 대해서 실험을 했을때 세포독성이 먼저 나타나 버리면 타겟 유전자자가 특이적으로 발생하는지 아닌지 모름. 세포독성에 의해서 연쇄적으로 나타난 것일 수 있기 때문 따라서 특이적으로 나타나는것을 보기 위해서 z-score가 3이상인 것만 활성으로 봄. 

논문에서 z-score가 3 이하이면  세포독성이 나타나는 농도인 것임 따라서 타켓 유전자 assay에 대한 chemical의 활성을 알아볼때에  z-score matrix에서 3 이하인 것은 활성이 아니라고 한 것이다. 

특정 타겟 유전자 발현은 물질을 노출했을때. 유전자가 발현한다는 것을 나타낸다. 실험하다가 고농도로하면 세포가 죽어버릴 수도 있으니까, 수많은 유전자가 발현할 수 있다.