Best model for predicting toxcast bioactivity
Toxcast 데이터셋 수백개 bioassay의 활성/비활성을 예측하는데 있어서 최근 GNN기반 모델들이 좋은 성능을 보여주고 있다. Paperswithcode는 여러 도메인에 대한 최신 연구 트렌드를 정리해놓은 유용한 웹사이트인데 이곳에서 Toxcast assay 예측 모델의 순위와 성능, 모델에 대한 논문과 source code를 확인할 수 있다. Leaderboard에는 등록되어 있진 않지만 2020년에 출판된 논문 Xiong et al 에서 제안된. Attentive FP모델은 toxcast에서 0.805수준의 AUC 를 보여준다 이는 TrimNet보다 약 0.023 높은 수치이다. Attentive FP모델을 포함한 5개의 모델 모두 Toxcast의 617개의 assay에 대해 Multitask learning하여 하나의 모델을 학습하고 성능을 측정했음을 확인했다. 하지만 개별 assay에 대해서는 세밀하게 튜닝된 간단한 머신러닝 모델이 오히려 좋을 가능성이 있으니, 확인이 필요하다.
