AI 독성예측 (19) 썸네일형 리스트형 [AI독성예측] K-aiTox 연구회 [논문분석] kGCN: a graph-based deep learningframework for chemical structures jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-020-00435-6 kGCN: a graph-based deep learning framework for chemical structures Deep learning is developing as an important technology to perform various tasks in cheminformatics. In particular, graph convolutional neural networks (GCNs) have been reported to perform well in many types of prediction tasks related to molecules. Althoug jcheminf.b.. [논문분석] Pushing the Boundaries of Molecular Representation for Drug Discovery with the Graph Attention Mechanism toxcast에서 0.805수준의 AUC 를 보여준 논문. ABSTRACT: Hunting for chemicals with favorable pharmacological, toxicological, and pharmacokinetic properties remains a formidable challenge for drug discovery. Deep learning provides us with powerful tools to build predictive models that are appropriate for the rising amounts of data, but the gap between what these neural networks learn and what human beings can.. [AI독성예측] ToxCast란? Toxicity Forecaster (ToxCast) 미국 환경보호청(EPA)는 이러한 물질들의 잠재적인 독성 효과를 평가하고 식별하기 위해 ‘실험실 독성 테스트(ToxCast)’를 사용해 왔다. ToxCast란 살아있는 세포, 단백질, 또는 생물학적 분자를 화학물질에 접촉시킨 후 변화를 관찰하는 검사법이다, toxcast는 1473개의 assay에 대한 데이터가 존재. assay : 특정 유전자를 타겟으로 하는 어세이 독성 반응과 관련돼 있다고 여겨지는 단백질. receptor에 의한 ligand로 agonist라면 그건 receptor에 ligand와 같이 binding도 하고 receptor activation까지 할수 있는것을 말하고 즉 original ligand와 비슷하게 행동하는 물질이란 뜻.. [AI독성예측] 신약개발에서 딥 러닝의 부상 [AI독성예측] 컴퓨터를 이용한 신약개발 방법론(안전성평가연구소) www.kitox.re.kr/home/sub.php?menukey=42 예측독성연구 < 연구분야 < 안전성평가연구소 첨단 바이오기술 기반의 국가 비임상시험 발전의 초석예측독성연구본부 신약 및 화학물질의 첨단 독성예측 기술 개발을 목표로 하여 대체독성 기술 개발의 선도적 역할을 수행하고 있다. 첨단 www.kitox.re.kr www.ibric.org/myboard/list.php?Board=news&PARA3=21 컴퓨터를 이용한 신약개발 방법론 소개 www.ibric.org [논문분석] 4. 세포독성 z-score : Analysis of the Effects of Cell Stress and Cytotoxicityon In Vitro Assay Activity Across a Diverse Chemicaland Assay Space 전체 toxcast asssay중에 34개가 세포독성을 보는 assay 거기서 나오는 ac50값을 표준화 시켜서 0으로 놓고 z-space를 만든다 z-score가 3보다 큰 것만 active로 함. epa toxcast에서 assay랑 chemcial 별로 z-score matrix를 제공 화학물질이 assay에 대해서 실험을 했을때 세포독성이 먼저 나타나 버리면 타겟 유전자자가 특이적으로 발생하는지 아닌지 모름. 세포독성에 의해서 연쇄적으로 나타난 것일 수 있기 때문 따라서 특이적으로 나타나는것을 보기 위해서 z-score가 3이상인 것만 활성으로 봄. 논문에서 z-score가 3 이하이면 세포독성이 나타나는 농도인 것임 따라서 타켓 유전자 assay에 대한 chemical의 활성을 알아볼때에 z-s.. [AI 독성예측] 독성예측모델에서는 정밀도가 중요할까요 재현율이 중요할까요? 이전 1 2 3 다음
