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[논문분석]TrimNet learning molecular representation from triplet messages for biomedicine github.com/yvquanli/trimnet Key points • TrimNet provides a new perspective from triplet messages for molecular representation learning. It employs a triplet message mechanism to calculate message from atom-bond-atom information and updates the hidden states of neural networks. • TrimNet can significantly outperform current stateof-the-art methods on multiple molecular representation learning ta..
[논문분석] Learning Graph-Level Representatioin for Drug Discovery github.com/ZJULearning/graph_level_drug_discovery ZJULearning/graph_level_drug_discovery Contribute to ZJULearning/graph_level_drug_discovery development by creating an account on GitHub. github.com Abstract Introduction Related Work Molecule Machine Learning Graph neural network Learning Graph-Level Representation Graph Convolutional Network Dummy Super Node Network Structure Node-Level Batch N..
[ChemDSRC]분자독성 네트워크 기반 환경성질환 예측모델 개발 www.me.go.kr/home/web/board/read.do?boardMasterId=39&boardId=1421870&menuId=290 환경부 공지·공고 - 2021년 환경기술개발사업(14개) 추진계획 공고 및 사업안내서 환경부 공고 제2020-1053호 2021년도 환경기술개발사업 신규과제 추진계획 공고 '21년도 환경부 환경기술개발사업 신규과제 추진계획을 다음과 같이 공고하오니, 연구개발 참여를 희망하는 기관, www.me.go.kr 14개 환경기술개발사업 --> "환경성질환예방관리 핵심기술개발사업" --> 환경성질환 상관성규명 기술개발 분야 --> 분자독성 네트워크 기반 환경성질환 종말점 예측모델 개발
[AI독성예측] 신약개발에서 딥 러닝의 부상
[AI독성예측] 컴퓨터를 이용한 신약개발 방법론(안전성평가연구소) www.kitox.re.kr/home/sub.php?menukey=42 예측독성연구 < 연구분야 < 안전성평가연구소 첨단 바이오기술 기반의 국가 비임상시험 발전의 초석예측독성연구본부 신약 및 화학물질의 첨단 독성예측 기술 개발을 목표로 하여 대체독성 기술 개발의 선도적 역할을 수행하고 있다. 첨단 www.kitox.re.kr www.ibric.org/myboard/list.php?Board=news&PARA3=21 컴퓨터를 이용한 신약개발 방법론 소개 www.ibric.org
[논문분석] 4. 세포독성 z-score : Analysis of the Effects of Cell Stress and Cytotoxicityon In Vitro Assay Activity Across a Diverse Chemicaland Assay Space 전체 toxcast asssay중에 34개가 세포독성을 보는 assay 거기서 나오는 ac50값을 표준화 시켜서 0으로 놓고 z-space를 만든다 z-score가 3보다 큰 것만 active로 함. epa toxcast에서 assay랑 chemcial 별로 z-score matrix를 제공 화학물질이 assay에 대해서 실험을 했을때 세포독성이 먼저 나타나 버리면 타겟 유전자자가 특이적으로 발생하는지 아닌지 모름. 세포독성에 의해서 연쇄적으로 나타난 것일 수 있기 때문 따라서 특이적으로 나타나는것을 보기 위해서 z-score가 3이상인 것만 활성으로 봄. 논문에서 z-score가 3 이하이면 세포독성이 나타나는 농도인 것임 따라서 타켓 유전자 assay에 대한 chemical의 활성을 알아볼때에 z-s..
[AI 독성예측] 독성예측모델에서는 정밀도가 중요할까요 재현율이 중요할까요?
[AI 독성예측] 독성예측 툴 EU - toxtree Toxtree is a flexible and user-friendly open-source application that places chemicals into categories and predicts various kinds of toxic effects by applying decision tree approaches. Toxtrees는 "의사결정 트리"를 이용하여 독성을 예측하는 user-friendly 오픈소스 어플리케이션. The software is made freely available as a service to scientific researchers and anyone with an interest in the application of computer-bas..

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